تهدف جامعة مقديشو إلي تقديم أفضل الخدمات إلي المجتمع الصومالي كما تهدف إلي خدمة المجتمع الإسلامي والإنساني بالوسائل الممكنة وأهمها:

1. ملئ فراغ التعليم العالي الناشئ من الحروب الأهلية، وتشجيع التعليم الأهلي ذي المستوى العالي في الصومال.

2. تخريج قوى بشرية مؤهلة بالتعليم المنتج.

3. تطوير التكنولوجيا الملائمة للظروف المحلية وتشجيع البحوث العلمية التي تراعي البيئة.

4. الاهتمام ببرامج خدمة المجتمع والتعليم المستمر.

5. تزويد الطلاب بالخبرات المعاصرة وتدريبهم على ثقافة العمل.

6. حماية التراث الثقافي الوطني والقيم الحميدة.

7. توثيق التعاون مع المؤسسات المشابهة.